En sus primeras horas como Presidente de Brasil, Jair Bolsonaro tomó una serie de medidas de organización del gobierno que indican a los observadores una orientación clara:
1. La Fundación Nacional del Indio (FUNAI), que era una dependencia del Ministerio de Justicia, pasó a estar vinculada al nuevo Ministerio de la Mujer, de la Familia y de los Derechos Humanos. Pero la identificación, delimitación, demarcación y registro de tierras ocupadas por indígenas y las tradicionales comunidades de antiguos esclavos negros (quilombolas) será responsabilidad del Ministerio de Agricultura, que normalmente tiene intereses contrarios a estos grupos y favorece al agronegocio.
2. Excluyó a la población de lesbianas, gays, bisexuales y transexuales (LGBT) como beneficiaria de las políticas y programas destinados a la promoción de los derechos humanos que impulsa el Ministerio de la Mujer, de la Familia y de los Derechos Humanos.
3. Estableció que la Secretaría de Gobierno tendrá entre sus competencias «supervisar, coordinar, vigilar y seguir las actividades y las acciones» de los organismos internacionales y de las organizaciones no gubernamentales que tienen presencia en Brasil. Para los miembros y simpatizantes de esas entidades, es una forma de restricción y control de la actuación de la sociedad civil.
4. La Comisión de Amnistía, responsable por las políticas de reparación y memoria de las víctimas de la última dictadura militar brasileña, dejó de estar bajo la gerencia del Ministerio de Justicia y pasó también al Ministerio de la Mujer, de la Familia y de los Derechos Humanos.
5. El Consejo de Control de Actividades Financieras (COAF), órgano que compone el sistema de combate a ilícitos financieros y al lavado de dinero, pasó de ser administrado por el Ministerio de Economía al fusionado Ministerio de Justicia y Seguridad Pública.
6. Como parte de la reorganización del gabinete, que pasó de 29 a 22 carteras, fueron cancelados los ministerios de Trabajo; Cultura; Deportes; Ciudades; Seguridad Pública; Industria, Comercio Exterior y Servicios; y Transportes, Puertos y Aviación Civil, ahora fusionados como secretarías a otras dependencias.
7. El salario mínimo para este año fue aumentado de 954 para 998 reales, un valor menor a los 1006 reales que había previsto antes de salir el gobierno de Michel Temer. Según se explicó, la reducción en la cifra final se debió a que la tasa de inflación -que es utilizada para realizar el ajuste- fue menor a la esperada.
8. El Ministerio de Relaciones Exteriores alteró su régimen administrativo para poder incorporar en cargos de jefatura a profesionales que no necesariamente pertenezcan al cuerpo diplomático. La medida suscitó gran malestar entre los diplomáticos de Itamaraty.
9. La Jefatura de Gabinete despidió a cerca de 320 empleados públicos vinculados a la cartera, que luego pasarán por un proceso de entrevista y análisis para ser recontratados solamente aquellos que no fueron indicados durante las administraciones de Luiz Inacio Lula da Silva y Dilma Rousseff, del Partido de los Trabajadores (PT).
10. Según anunció el Financial Times, propone un incremento gradual en la edad para jubilarse.
Estas medidas han provocado una reacción muy negativa en la oposición brasileña y en los círculos intelectuales. Por otro lado, Wall Street respalda a Bolsonaro y elogia las previstas medidas de gobierno en el área de la economía.