Informe del consorcio científico PAIS: en Argentina circulan todas las variantes; ómicrón aún no se impuso

El equipo de científicos argentinos nucleados en el grupo PAIS(PROYECTO ARGENTINO INTERINSTITUCIONAL DE GENÓMICA DE SARS-COV-2), dedicado a la vigilancia genética del coronavirus, acaba de publicar su último informe: «REPORTE N°29: Vigilancia activa de variantes de SARS-CoV-2 en la CABA, provincias de Buenos Aires, Chaco, Neuquén, Santa Fe y Tierra del Fuego.

El resumen ejecutivo explica lo siguiente:

Primer análisis evolutivo de la variante Omicron de Argentina (en conjunto con el Laboratorio Nacional de Referencia de Enfermedades Respiratorias Virales y el Centro Nacional de Genómica del ANLIS Malbrán).

Con el objetivo de estudiar las variantes circulantes del virus SARS-CoV-2 en el período comprendido entre el 01/10/21 y el 31/12/21, se analizaron un total de 1534 muestras, de las cuales 1082 fueron seleccionadas al azar y corresponden a individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros: 431 correspondieron a casos de la CABA, Gran Buenos Aires y alrededores y Gran La Plata, 123 a la provincia de Buenos Aires (no AMBA), 41 a la provincia de Chaco, 92 a la provincia de Tierra del Fuego, 127 a la provincia de Neuquén y 268 a la provincia de Santa Fe. Las 452 muestras restantes correspondieron a casos especiales (nexo con  viajero y confirmación de casos detectados por la técnica de RT-qPCR específica para variantes o estudios especiales).

En 745 casos se realizó la secuenciación completa del genoma del SARS-CoV-2. En total, se identificó la variante Alpha en 17 casos, Gamma en 64 casos, Lambda en 107 casos y Delta en 1140 casos. Por último, la variante Omicron se detectó en 203 casos, la mayoría de estos corresponden a infecciones adquiridas en la comunidad.

A la fecha, sobre un total de 6790 muestras analizadas a través de la vigilancia activa por secuenciación de Spike o de genoma completo, las variantes más frecuentemente detectadas en nuestro país fueron: Gamma en 2379 casos, seguida de Delta en 1392 casos, Lambda en 1200 casos, Alpha en 344 casos, Mu en nueve casos y Omicron en 203 casos.

En este reporte, se detectó la variante Omicron en casos de infecciones adquiridas en la comunidad y seleccionadas al azar en la SE 50 en la CABA (7,7%) y en la provincia de Santa Fe (12,1%), alcanzando el 50% de los casos secuenciados en la SE 51 en ambas jurisdicciones.

En la provincia de Tierra del Fuego en la SE51 se detectó en el 61,9%, alcanzando el 87,3% en la última SE del 2021.

Asimismo, en el periodo analizado en este reporte, la variante Delta ha sido la única variante detectada en circulación comunitaria en la región GBA (hasta las SE 49-50) y en las provincias de Neuquén (hasta las SE 47 48) y Chaco (hasta la SE 51).

En estas últimas jurisdicciones hasta las SE analizadas, la variante Omicron fue detectada en casos esporádicos, muchos de los cuales tienen antecedente de viaje al exterior o a alguna provincia argentina con circulación comunitaria de esta variante.

El análisis evolutivo de la variante Omicron mostró que todas las secuencias de Argentina correspondieron al linaje derivado BA.1, que es el más extendido a nivel mundial. A su vez, se observaron múltiples introducciones al país, aunque aún con limitados eventos de diversificación.

El análisis evolutivo de la variante Delta mostró que los linajes derivados AY.20, AY.25, AY.75, AY.100 y AY.103 constituyeron el 85% de los linajes detectados en nuestro país en el periodo desde el 4 de julio a 8 de noviembre del 2021.

Estos linajes derivados se encuentran asociados principalmente con muestras de los Estados Unidos, México, Brasil y Perú, entre otros.

Los resultados aquí presentados están en consonancia con la situación epidemiológica observada en varios países del mundo, caracterizada hasta el momento por un incremento abrupto de la frecuencia de detección de la variante Omicron, en simultáneo con el reporte de un número muy elevado de casos de detección de SARS-CoV-2 asociados a nuevas olas de infecciones a nivel mundial.

(Para descargar el Reporte 29 completo, cliquear aquí)