El SARS-CoV-2 está circulando casi sin restricción dentro de ciertas zonas del AMBA, pero no se detecta circulación significativa entre las distintas regiones del país. Creemos que lo que observó el Proyecto PAIS en las etapas iniciales de la cuarentena en algunos barrios populares, muestra lo que puede ocurrir ahora en una escala geográfica mayor, al aumentar los contagios
Para comprender cómo se comporta un virus se busca en el lugar en el que se encuentra toda esa información: su genoma. Las instrucciones sobre cómo se va desarrollará un organismo está en lo que en genética se llaman letras, contenidas dentro de los genes.
El ADN del ser humano tiene 3 mil millones de esas letras, pero por suerte el coronavirus tan sólo 30 mil, lo que facilita en parte el trabajo de los científicos.
En abril se había logrado secuenciar el primer genoma de SARS-CoV-2 en el país, para principios de julio ya se conocían 37, y ahora van más de 400. Esto es fruto del Consorcio PAIS, Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2, creado por el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación. Hace dos semanas describimos en AgendAR sus objetivos, y las cepas de circulación local identificadas, aquí.
El análisis de más de 400 genomas de SARS-CoV-2 ha permitido a los científicos argentinos conocer cómo se estuvo comportando el virus en el país, ya que esas muestras son de entre el 28 de marzo y el 12 de junio. El proyecto seguirá analizando nuevos genomas de muestras de junio y julio, como para ver la evolución tras la apertura de la primera etapa, más estricta, del denominado Aislamiento Social Preventivo Obligatorio.
La Universidad de Buenos Aires forma parte de esta gesta por descifrar los misterios que encierra el genoma del coronavirus. En el área de Bioinformática del Instituto de Cálculo, de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, funcionan tres grupos de investigadores coordinados por Darío Fernández Do Porto, Adrián Turjanski y Marcelo Martí.
El Proyecto PAIS nuclea a más de 100 investigadores de 30 instituciones de todo el país, que buscan secuenciar 1000 genomas de diferentes partes de la Argentina
Su objetivo es estudiar el origen y dispersión del virus por el territorio, comparar las cepas locales con las de otras partes del mundo, como así también analizar las mutaciones que pudieran afectar el diagnóstico, la transmisión y la virulencia del SARS-CoV-2.
Darío Fernández Do Porto contó que “nuestro equipo integra los nodos bioinformáticos y evolutivos de PAIS, que desarrolla los softwares y flujos de trabajo necesarios para el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular de las cepas del SARS-CoV-2 que circulan en Argentina”.
“Esto nos permite estudiar su origen y dispersión dentro del país y analizar las mutaciones que pudieran afectar el diagnóstico, la transmisión y la virulencia del virus. Para cumplir el objetivo se han secuenciado al momento más de 400 genomas y se espera llegar a un muestreo de alrededor de 1000 en el corto plazo”, explicó Fernández Do Porto, docente de la UBA, e investigador UBA/CONICET, especializado en bioinformática.
Coronavirus y barrios populares
Un muestreo intensivo en los barrios populares Padre Mugica y Padre Ricciardelli mostró que allí el virus circula casi sin restricción, casi como si se tratase de una gran familia donde cada habitante del barrio es un contacto estrecho.
“Lo que sucede en estos barrios es que las casas suelen tener uno o dos dormitorios donde a lo mejor conviven varias familias que comparten un espacio común”, explicó Do Porto. “De esta manera la dinámica de la transmisión de la enfermedad es exactamente la misma que lo que sucede dentro de una familia, no importa si hay lazos consanguíneos, viven en un mismo espacio”.
“Por otro lado lo que sucede en estos barrios es un ejemplo de lo que podría pasar en el resto del país si no hubiera ASPO. El virus infectaría rápidamente a un alto porcentaje de la población”, enfatizó el experto. “A modo de ejemplo en el Barrio Mugica (la villa 31 de Retiro) se calcula que la infección afectó a por lo menos el 53% de sus habitantes. Si extrapolamos este valor a nivel nacional, estaríamos contando las víctimas fatales en decenas de miles, en un escenario sin aislamiento”.
Mucha circulación local
El análisis de los genomas de diferentes partes del país, ha permitido notar a los científicos que el virus circula mucho de forma local, pero que no suele cruzar fronteras regionales. “Habría más circulación local interna en cada una de las regiones analizadas, que circulación entre las regiones en sí”, explicó Fernández Do Porto.
“Estos datos son consistentes con las políticas de aislamiento social preventivo y obligatorio (ASPO). Si bien se ha visto que últimamente hubo menor acatamiento al ASPO y por lo tanto aumentó la circulación interna en las distintas ciudades y provincias, la circulación entre regiones se ve más limitada”, dijo el bioinformático.
“Entre las distintas zonas del AMBA existe un continuo para el virus”, explicó el experto de la UBA. “Pero si uno hace foco en distintas zonas preestablecidas, como por ejemplo la zona norte y sur de la Capital se ven diferentes proporciones en los linajes genéticos allí presentes”.
A la vez, aclaró: “Cuando se estudia en detalle la presencia de estos linajes en el GBA se puede discernir que la misma tampoco es homogénea entre ellas, pero la distribución de linajes en GBA norte es más parecida a las del norte de CABA y lo mismo sucede en la zona sur con lo que se puede decir que van sucediendo cambios en los linajes pero de manera no tan abrupta”.
El conocer los linajes de SARS-CoV-2 que circulan por el país, ha permitido a los científicos argentinos conocer cómo ha evolucionado la pandemia de COVID19 a nivel local, ya que esas muestras son de entre el 28 de marzo y el 12 de junio. La idea del Consorcio PAIS es continuar con el análisis de genomas, esta vez de muestras de junio y julio, para ver, como señalamos al comienzo, la evolución tras la apertura del Aislamiento Social Preventivo Obligatorio.